Asıl ismi Mehmed bin Seydî Ahmed'dir. İznik'te doğdu. Çivizâde'den ilim öğrendi. Emir Ahmed Buhâri hazretlerinin dergâhında Mahmûd ve Lâmiî Çelebilerin derslerinde bulunup tasavvufta ilerledi. Hakîm Îsâ Çelebi'den tıb ilmini öğrendi ve Hakîm Çelebi ismiyle meşhûr oldu. Bursa'ya yerleşip kendi adını taşıyan tekkede halka İslâmiyetin emir ve yasaklarını anlattı. 1566'da İstanbul'da vefât etti. Kabri, Ebül-Vefâ Türbesinin girişinde sağdadır.
Ölüyü kabre kadar üç şey tâkîb eder: Çoluk-çocuğu, malı ve ameli. Bunlardan ikisi döner, biri kalır. Çoluk çocuğu ve malı döner, ameli (kendisiyle) kalır.” (Hadîs-i Şerif—Müttefekun aleyh)